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甲基化DNA免疫沉淀测序(MeDIP)

项目介绍

甲基化DNA免疫沉淀测序(Methylated DNA Immunoprecipitation SequencingMeDIP-Seq)是通过5mC特异性抗体富集甲基化的DNA片段,
然后结合高通量测序技术在全基因组水平上以较小的数据量,快速、高效地寻找甲基化区域。可广泛应用于甲基化与疾病关系研究。




技术优势

全基因组范围鉴定甲基化修饰区域

针对性检测基因组内具有甲基化修饰的区域

WGBS技术相比,成本更低




科学方案设计

从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析

每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计

及时高效的沟通;以保障高质量研究成果
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样本要求:基因组DNA: >= 3ug;样品浓度>50 ng/ul;无RNA和蛋白污染

建库测序:测序策略:Illumina HiSeq, PE150;测序深度:20-30M clean reads


信息分析

基于全基因组范围的甲基化分析,数据质控、PeakCalling, 

Peak锋在基因组、染色体、功能元件上的分布

多样本甲基化差异聚类、差异甲基化DMR鉴定及相关基因的功能分析,

结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘。





分析内容

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用心服务每一个项目

已完成人、小鼠、大鼠、猪等多种哺乳动物甲基化DNA免疫沉淀测序分析,

助力客户在Nature communications, Scientific reports等杂志发表多篇论文。
"专业的技术支持,严格的实验把关,丰富的项目经验,高效的沟通机制用心服务好每一个项目。



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甲基化DNA免疫沉淀测序(MeDIP)案例展示

案例分析(团队成员发表)

同卵双胞胎2型糖尿病易感基因的表观基因组关联分析

An integrated epigenomic analysis for type 2 diabetes susceptibility loci in monozygotic twins. Nature communications. 2014; 5: 5719.(IF=11.329)

一、研究背景

2型糖尿病(T2D)是一种高度异质性疾病,通过遗传易感性和环境的结合引起。全基因组关联研究(GWAS)已经鉴定出至少65T2D位点,但这仅解释了T2D疾病易感性的6%。T2D的变异也可能部分通过表观遗传效应来解释,比如DNA甲基化。

二、方法流程

1、取材:27对同卵双胞胎的全血

    T2D-discordant (n=17),

T2D-concordant (n=3),

对照组non-T2D group (n=7)

2、测序:甲基化DNA免疫沉淀测序(MeDIP-Seq)

3、验证:450K芯片:差异甲基化基因

4、功能:

三、研究结果

1) 在这项研究中,对27对同卵双胞胎的全血DNA进行了MeDIP-Seq,发现了大量的与2型糖尿病相关基因的差异甲基化区域(DMR),并在随后的另外一批大量样本(42T2D221正常对照)的研究中得到了进一步的验证;

2) 其中MALT1基因启动子区的甲基化变化,与血液中牛磺胆酸水平的变化直接相关,并涉及到胰岛素和血糖代谢相关的信号通路;

3) DNA甲基化组与T2D相关临床数据的分析结果表明了差异DNA甲基化区域在T2D易感性基因上的相对富集。

四、研究结论

总之,综合基因组学和表观基因组学的方法,加上同卵双胎的病理模型,我们很好地解释T2D等其他复杂性状疾病的致病原因,并发现潜在的药物靶标和生物标记物。


                 
               1. T2D-DMRs在基因组上的分布                                                                           图2. 基因MALT1DNA甲基化和代谢图谱


甲基化DNA免疫沉淀测序(MeDIP)结果展示

基因组重测序

甲基化DNA免疫沉淀测序(MeDIP)常见问题

基因组重测序

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